本发明公开了厌氧发酵耦合微藻生物处理畜禽养殖废水系统及方法；一种厌氧发酵耦合微藻生物处理畜禽养殖废水系统，包括初沉池、调节池、升流式厌氧污泥床反应器、二沉池、跑道池微藻反应器、生物膜微藻反应器、微藻采收和废水后处理；其特征在于：养殖废水通过开关阀门十进入初沉池，所述初沉池用于沉降废水中固体颗粒，使废水适宜发酵或微藻培养；经过所述初沉池处理后的废水通过阀门十二进入升流式厌氧污泥床反应器；升流式厌氧污泥床反应器用于厌氧发酵畜禽废水，降低废水COD，并产生生物沼气，生物沼气通过排气口排出，经过所述升流式厌氧污泥床反应器处理后的废水进入二沉池；本发明可广泛应用于畜禽养殖业等领域。
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