本发明公开了一种利用计算机模拟计算蛋白质与DNA之间相互作用力的方法。该方法利用NAMD_2.6计算软件和VMD-1.8.6分析软件进行分子动力学模拟,首先将PDB数据库的蛋白质结构制成适当的研究体系,然后对该体系进行能量最小化处理,将体系加热到设定温度后,对体系进行多步平衡处理,接着对体系实施分子动力学模拟,然后标记体系中目标研究对象并对体系进行SMD模拟,最后处理和分析数据得到蛋白质与DNA之间的相互作用力变化情况,并求得它们之间的最大相互作用力。该方法测定对象范围广泛、实验材料易于制备、设备要求低并且利用率高,便于在与分子识别和基因表达行为相关的生命科学和物理化学以及医药领域广泛应用。
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来源：北方有色网
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